Để khuyến khích đầu tư và phát triển doanh nghiệp, Luật thuế TNDN đã cho phép doanh nghiệp được trích tối đa 10% thu nhập tính thuế hàng năm trước khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp để lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp. Tuy nhiên, trong vòng 05 năm, nếu không sử dụng hết thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản thu nhập đã trích lập quỹ mà không sử dụng hoặc sử dụng không đúng mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó. Đại lý thuế Thanh Nam trích phần quy định trong thông tư 26 về vấn đề này như sau:

Trích lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp

1.Doanh nghiệp được thành lập, hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam được trích tối đa 10% thu nhập tính thuế hàng năm trước khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp để lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp. Doanh nghiệp tự xác định mức trích lập Quỹ phát triển khoa học công nghệ theo quy định trước khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Hàng năm nếu doanh nghiệp có trích lập quỹ phát triển khoa học công nghệ thì doanh nghiệp phải: -Lập Báo cáo trích, sử dụng Quỹ phát triển khoa học công nghệ -Kê khai mức trích lập, số tiền trích lập vào tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp. Báo cáo việc sử dụng Quỹ phát triển khoa học công nghệ được nộp cùng tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp. Đối với doanh nghiệp do Nhà nước nắm giữ trên 50% vốn điều lệ ngoài việc thực hiện trích quỹ phát triển khoa học và công nghệ theo quy định của Điều này còn phải đảm bảo tỷ lệ trích quỹ tối thiểu quy định tại Luật Khoa học và Công nghệ.  

2.Trong thời hạn 5 năm, kể từ khi trích lập, nếu Quỹ phát triển khoa học và công nghệ không được sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản thu nhập đã trích lập quỹ mà không sử dụng hoặc sử dụng không đúng mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó. Số tiền sử dụng không đúng mục đích thì sẽ không được tính vào tổng số tiền sử dụng cho mục đích phát triển khoa học và công nghệ. - Thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp dùng để tính số thuế thu hồi là thuế suất áp dụng cho doanh nghiệp trong thời gian trích lập quỹ. - Lãi suất tính lãi đối với số thuế thu hồi tính trên phần quỹ không sử dụng hết là lãi suất trái phiếu kho bạc loại kỳ hạn một năm (hoặc lãi suất tín phiếu kho bạc loại kỳ hạn một năm) áp dụng tại thời điểm thu hồi và thời gian tính lãi là hai năm.  

3.Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp chỉ được sử dụng cho đầu tư nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ của doanh nghiệp tại Việt Nam. Các khoản chi từ Quỹ phát triển khoa học và công nghệ phải có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.  

4.Doanh nghiệp không được tính các khoản đã chi từ Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp vào chi phí hoạt động sản xuất kinh doanh khi xác định thu nhập chịu thuế trong kỳ tính thuế. Trường hợp doanh nghiệp có chi đầu tư nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ của doanh nghiệp từ quỹ phát triển khoa học công nghệ mà không đủ thì phần chênh lệch còn lại giữa số thực chi và số đã trích quỹ sẽ được tính vào chi phí hoạt động sản xuất kinh doanh khi xác định thu nhập chịu thuế.  

5.Doanh nghiệp đang hoạt động mà có sự thay đổi về hình thức sở hữu, hợp nhất, sáp nhập thì doanh nghiệp mới thành lập từ việc thay đổi hình thức sở hữu, hợp nhất, sáp nhập được kế thừa và chịu trách nhiệm về việc quản lý, sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp trước khi chuyển đổi, hợp nhất, sáp nhập. Doanh nghiệp nếu có Quỹ phát triển khoa học và công nghệ chưa sử dụng hết khi chia, tách thì doanh nghiệp mới thành lập từ việc chia, tách được kế thừa và chịu trách nhiệm về việc quản lý, sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp trước khi chia, tách. Việc phân chia Quỹ phát triển khoa học và công nghệ do doanh nghiệp quyết định và đăng ký với cơ quan thuế.   6.Trường hợp Nghị định của Chính phủ quy định về đầu tư và cơ chế tài chính đối với hoạt động khoa học và công nghệ có các nội dung về trích lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp quy định khác thì Bộ Tài chính và Bộ Khoa học Công nghệ sẽ ban hành Thông tư Liên bộ hướng dẫn bổ sung nội dung này đảm bảo phù hợp với quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp và Nghị định quy định về đầu tư và cơ chế tài chính đối với hoạt động khoa học và công nghệ.  

Mục đích thành lập, thẩm quyền và hình thức tổ chức Quỹ 

1. Mục đích thành lập Quỹ do doanh nghiệp thành lập để tạo nguồn tài chính đầu tư cho hoạt động khoa học và công nghệ của doanh nghiệp tại Việt Nam thông qua hoạt động nghiên cứu, ứng dụng và phát triển, đổi mới công nghệ, đổi mới sản phẩm, hợp lý hoá sản xuất nhằm nâng cao sức cạnh tranh của doanh nghiệp.

2. Thẩm quyền thành lập Căn cứ nhu cầu và khả năng tài chính đầu tư cho hoạt động khoa học và công nghệ của doanh nghiệp, người có thẩm quyền cao nhất của doanh nghiệp quyết định thành lập, quy định nhiệm vụ, quyền hạn, bộ máy tổ chức của Quỹ. Người có thẩm quyền cao nhất của doanh nghiệp bao gồm: a) Chủ tịch hội đồng quản trị (đối với công ty cổ phần); b) Chủ tịch hội đồng thành viên hoặc chủ sở hữu công ty (đối với công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty hợp danh); c) Chủ doanh nghiệp tư nhân (đối với doanh nghiệp tư nhân) hoặc tổng giám đốc, giám đốc (đối với doanh nghiệp không có hội đồng quản trị) của doanh nghiệp.

3. Hình thức tổ chức Quỹ Quỹ là một bộ phận, không có tư cách pháp nhân và trực thuộc doanh nghiệp, do người có thẩm quyền cao nhất của doanh nghiệp chịu trách nhiệm điều hành.    

Thanh Nam Tham khảo TT26, 15/2011/TT-BTC  

Xem thêm hướng dẫn cách hạch toán và sơ đồ kế toán Quỹ phát triển khoa học và công nghệ